بالاعتماد على المقابلات الشفوية والمصادر التاريخية المتاحة، أمكن البدء بتوثيق الشجرة من الجد حسين العلي، الذي تبيّن أن له أخاً واحداً على الأقل هو ياسين العلي. وقد أنجب حسين العلي كلاً من: حنيفة، ونصرة، وخديجة، وسليم.
وتشير مراجعة سجلات النفوس العثمانية إلى وجود قيد موثّق باسم سليم بن حسين العلي، والد الشهيد ناجي العلي، والمسجَّل أنه من مواليد 1307 هـ. ويُعد هذا القيد المرجع الزمني الوحيد الذي أمكن العثور عليه حتى الآن، ويشكّل أساساً مهماً في تثبيت التسلسل الزمني لشجرة العائلة.
وقد أنجب سليم بن حسين العلي من الذكور: حسين، ومحمد، وجوهر، والشهيد ناجي العلي، ومن الإناث: آمنة، وجوهرة، ومريم، وزهرة.
أما ياسين العلي، شقيق حسين، فقد أنجب: عبد القادر، وأسعد، ورجب، ومصطفى، وخضرة.
وبعد تثبيت فروع الأبناء، تُظهر الشجرة نمطاً واضحاً من التصاهر داخل أبناء العمومة، وهو من السمات الاجتماعية السائدة في قرية الشجرة في تلك المرحلة. فقد تزوّج رجب بن ياسين من خديجة بنت حسين العلي، كما تزوّج جوهر بن سليم من حورية بنت رجب، وتزوّج حسين بن سليم من عائشة بنت رجب، في صورة تعكس تداخل الفروع داخل الحمولة الواحدة.
وكحال كثير من العائلات الفلسطينية، حملت عائلة العلي ألقاباً وتسميات متعددة داخل فلسطين، وتوسّع هذا التعدّد بعد التهجير. فبينما يُعرف بعض أفرادها بلقب الحياتلة، يحمل آخرون لقب العلي، في حين عُرفت أسرة جوهر شقيق الشهيد ناجي بلقب حسين، نسبةً إلى الجد، وهو نمط شائع في القرى الفلسطينية، انسحب بدوره على بقية فروع العائلة.
